In de Groene of Willibrordkerk bevinden zich twee orgels. Het hoofdorgel kwam in 1977 gereed en is gebouwd door de firma Metzler te Dietekon (Zwitserland), als een vrije reconstructie van het voormalige Schonat-koororgel in de Oude Kerk te Amsterdam. Het 17e-eeuwse pijpwerk is in 1823 geplaatst in een orgel in de Zuiderkerk in Amsterdam, en in 1940 doorverkocht aan de Gereformeerde Oosterkerk in Aalten. In de zeventiger jaren kwam het uiteindelijk ter beschikking aan de Groene Kerk. Doordat Schonat zelf ook weer ouder pijpwerk hergebruikte, beschikken wij thans in de Holpijp van het hoofdwerk over 16e-eeuws pijpwerk van Hendrik Niehoff, waar Jan Pieterszoon Sweelinck nog op gespeeld moet hebben.
Het koororgel dateert uit 1973 en is eveneens gebouwd door de firma Metzler.
